Salah satu program study yang tersedia di MA Abu Darrin adalah IPA (ilmu pengetahuan alam). Pada program IPA, siswa fokus mempelajari bidang sains meliputi Matematika, Fisika, Kimia dan Biologi. Disamping fokus mapel sains, siswa juga tetap diwajibkan mengikuti mapel lainnya meskipun porsi jam pembelajaran dibawah mapel sains.
Jumlah kelas yang ada pada jurusan IPA terdiri atas: kelas X.1; X.2; XI.1; XI.2; XII.1 dan XII.2. Masing-masing kelas terdiri dari 25 – 30 siswa. Untuk masuk jurusan IPA, peserta didik diwajibkan mengikuti proses seleksi penempatan kelas yang dilakukan pada awal tahun ajaran baru. Selain itu, siswa juga bisa menggunakan surat rekomendasi dari sekolah asal guna untuk membuktikan siswa tersebut layak masuk jurusan IPA.
Dalam rangka menunjang kemampuan atau skill siswa dalam memahami materi sains, siswa dibekali dengan adanya praktikum. Siswa juga diberikan kesempatan untuk mengikuti kelas intensif sesuai mapel yang diinginkan (MIPA) yang diadakan diluar jam pelajaran. Pada kelas intensif ini, siswa dibimbing untuk mengerjakan soal-soal olimpiade, membahas jurnal penelitian dan diskusi ilmiah. siswa yang telah mengikuti program intensif akan dilakukan seleksi akhir untuk diambil yang terbaik dan akan dikirimkan pada event-event olimpiade baik yang diselenggarakan pemerintah maupun universitas. Prestasi yang pernah diraih jurusan IPA adalah:
- juara 1 regional bojonegoro Olimpiade Biologi yang diselenggarakan oleh Universitas dari Malang.
- juara 2 kompetisi sains madrasah mapel Biologi tingkat kabupaten Bojonegoro
- juara 3 kompetisi sains madrasah mapel Fisika tingkat kabupaten Bojonegoro
- juara 1 regional bojonegoro Olimpiade Fisika yang diselenggarakan oleh Universitas dari Malang.
- juara 2 regional bojonegoro Olimpiade Biologi yang diselenggarakan oleh Universitas dari Malang.
- juara 2 kompetisi sains madrasah mapel Matematika tingkat kabupaten Bojonegoro